Tiene como objetivo principal el adecuado procedimiento de la fauna nativa y exótica existente en el Zoológico Nacional, de manera de obtener alta calidad en diversos ámbitos, como la higiene, alimentación y cuidado de los animales.   La sección de manejo animal se encarga también de la ambientación de los recintos, buscando recrear los hábitat naturales de cada especie, utilizando recursos como troncos, vegetación, plataformas, lianas, etc.   También se encarga de liderar procedimientos tendientes al bienestar y salud de los animales, recopilando datos y  variadas observaciones, las cuales son entregadas a las distintas áreas involucradas, para su análisis posterior. La sección Manejo animal es la encargada del diseño, mantención y mejoramiento de todos los recintos de nuestro Zoológico, intentando conciliar en un sólo lugar variados aspectos, como son el mejoramiento en la calidad de vida del animal, la belleza estética del recinto, la optimización de las vistas del público en la exhibición y la consideración del  trabajo de limpieza y alimentación del cuidador.   Este trabajo se realiza basándose en una completa información relacionada con su conducta, biología y relación con el medio natural donde habitan.