Los Zoológicos modernos se preocupan no sólo de la alimentación y salud de sus animales, sino también de mejorar cada día más sus condiciones de vida para aumentar su nivel de bienestar. El Zoológico Nacional, consciente de esta nueva necesidad, creó en el 2003 la Sección de Conducta y Bienestar Animal. En ella trabaja personal especializado en conducta animal que tiene a su cargo la función del enriquecimiento ambiental, entrenamiento animal y estudios de conducta.  En esta sección se crean y desarrollan los programas formales de Enriquecimiento Ambiental dirigidos a fomentar un repertorio conductual típico de cada especie. Esto contribuye a disminuir los niveles de stress y aumenta el bienestar de los animales de la colección. Además posibilita que el público pueda observar animales comportándose en forma normal y aprenda así de su biología y vida natural. Hasta la fecha se han desarrollado programas de Enriquecimiento Ambiental para grandes mamíferos como elefantes, osos polares y pardos, jirafas e hipopótamo; también para pequeños y grandes felinos, como caracales, leones, tigres y jaguares. El programa ha abarcado además a primates del nuevo y viejo mundo, como monos cai, tamarinos, chimpancés y papiones, así como a aves y reptiles, tales como loros y serpientes. Otra de las funciones de esta sección, y que forma parte del programa de Enriquecimiento Ambiental, es el entrenamiento con refuerzo positivo. Esto implica hacer ejercicios con los animales para aumentar la frecuencia de una conducta en base a premios. Las que se fomentan son generalmente conductas que están dirigidas a mejorar los manejos diarios de los animales, como por ejemplo que el elefante ponga su oreja para la extracción de sangre o que el oso polar abra la boca para examinar sus dientes. Así se facilita además el trabajo de los cuidadores, se establece una mejor relación con el animal y se aumenta la seguridad en el trabajo. Por otro lado esta sección se ocupa también de estudiar la conducta de algunos animales en casos especiales, como los flamencos en etapa de cortejo y reproducción.   Muchos son los avances alcanzados en esta área donde se unen el esfuerzo de voluntarios, cuidadores, técnicos, médicos veterinarios y biólogos para hacer del Zoológico un buen lugar para los animales y con un componente educativo importante para nuestros visitantes.